农业与生物工程学院（牡丹学院）成立于2017年7月，由原生命科学系、园林工程系和资源环境系的农学类专业组合而成，是菏泽学院具有鲜明办学特色和学科优势明显的学院之一。学院现设有生物系、农林系、食品与生物工程系三个教学系，拥有“生物工程、生物科学、食品科学与工程、园艺、设施农业科学与工程、园林”6个本科专业，“药品生物技术、园艺技术、设施农业与装备、种子生产与经营、农产品加工与质量检测”5个专科专业，在校生2200余人。

学院现有教师113人，其中教授14人，副教授37人，讲师56人；博士55人；教育部高等学校课程教学指导委员会委员1人、国家技能人才培育突出贡献个人荣誉称号1人、山东省高校教育教学指导委员会委员1人、山东省教学名师3人、山东省师德标兵2人、山东省优秀教育工作者1人、山东省优秀教师1人山东省十佳青年知识分子标兵1人、菏泽市专业技术拔尖人才2人、菏泽市优秀教师1人；获批中国农学会科技志愿服务科普分队1个；注册30余名山东省科技特派员，挂职科技副总10余人；多名教师被南京师范大学、山东理工大学、青岛大学选聘为研究生导师。

2022年生物科学专业顺利通过教育部师范类第二级认证；近年来，获批教育部数据中国“百校工程”建设项目1个，山东省教学成果3项，山东省一流专业2项（生物科学、生物工程），山东省高水平应用型立项建设专业群1项（生物工程专业群），山东特色专业1个（生物科学），山东省卓越工程师教育培养计划1项（食品科学与工程），山东省一流课程3项。建院以来，获批10余项国家级、50余项省部级等共计200余项科研纵向项目；获得科研成果奖、专利奖等30余项；获得国家专利300余项（其中发明专利40余项）；获批动植物新品种4项；出版专著、教材20余部。

拥有国家农村产业融合发展示范园1个；省级科学研究平台7个（牡丹遗传育种及应用技术山东省工程研究中心、黄河流域高效生态特色植物资源产业化开发协同创新中心、山东省牡丹生物学研究及应用技术高校特色实验室、山东省脑心精准医疗与应用技术研究中心、鲁西南特色高效循环生态农业协同创新中心、山东省牡丹基因工程育种及应用工程技术研究中心、山东省“十三五”高校重点实验室）；山东省高校青年创新团队2个；2022年获批山东省菏泽学院农业与生物工程科普工作室（培育）1个；校级跨学科研究平台2个（牡丹研究院、生命科学与健康研究院）；菏泽市牡丹工程实验室1个、菏泽市功能性牡丹食品加工重点实验室1个。专业实验室55个、精密仪器实验室2个，学院仪器设备总值约3000余万元；拥有签订协议的食品企业40余家，农林教学实践基地30余家。

学院先后多次获得师德建设先进单位、平安校园建设先进单位、优秀基层党组织、红旗团总支、优秀基层团组织、国家级暑期大学生三下乡优秀团队、大学生艺术文化节优秀组织单位、田径运动会优秀组织奖及道德风尚奖、工会工作及宣传工作先进单位、就业工作先进单位、学风建设先进单位等荣誉称号。