农业与生物工程学院（牡丹学院）成立于2017年7月，由原生命科学系、园林工程系和资源环境系的农学类专业组建而成，是菏泽学院具有鲜明办学特色和学科优势的学院之一，2024年获批山东省专业特色学院（专业特色现代高效农业）、菏泽学院高水平重点建设学科（生物与医药）和培育建设学科（农业）。学院现设有农林系、生物系、食品工程系、生物工程系、农业技术系五个教学系，“生物工程、生物科学、食品科学与工程、园艺、设施农业科学与工程、设施农业科学与工程（中外合作办学）”6个本科专业，“药品生物技术、园艺技术、设施农业与装备、种子生产与经营、农产品加工与质量检测”5个专科专业，现有在校生2100余人。

在专业建设方面：获批山东省一流本科专业2个（生物科学、生物工程）、山东省一流本科课程3门、山东省高水平应用型立项建设专业群1项（生物工程专业群）、山东省特色专业1个（生物科学）、山东省卓越工程师教育培养计划1项（食品科学与工程）；生物科学专业顺利通过教育部师范类第二级认证。

在师资队伍方面：现有教师123人，其中教授17人，副教授35人，博士72人，硕士生导师15人。近年来，学院荣获“全国巾帼文明岗”称号1次，获批“省黄大年式教师团队”1个、省高校青创人才引育计划项目2个、山省高等学校青创团队计划项目4个，省级教学名师1人。

在平台建设方面：近年来，获批省专业特色学院、省大健康产业学院，省普通高校示范性实习（实训）基地3个省级教学平台；获批牡丹遗传育种及应用技术山东省工程研究中心、黄河流域高效生态特色植物资源产业化开发协同创新中心、山东省牡丹生物学研究及应用技术高校特色实验室、鲁西南特色高效循环生态农业协同创新中心等省厅级科研平台。另外，拥有专业实验室49个、精密仪器实验室2个，虚拟仿真实验室1个，仪器设备总值约5000余万元。

  在科研与社会服务方面:建院以来，教师获批国际项目1项（欧盟玛丽居里博士后项目），国家级科研纵向项目15项、省部级等50余项，获得科研成果奖、专利奖等150余项，国家专利300余项（发明专利64项），出版专著、教材20余部，发表SCI论文260余篇。另外，拥有中国农学会科技志愿服务总队一山东菏泽现代农业科普分队1个，山东省菏泽学院农业与生物工程科普工作室1个。注册山东省科技特派员30余名，挂职科技副总30余人，获批省科技特派员创新创业共同体产业服务团2个。

在教育教学方面：近年来获得省级教学成果奖3项、省级教学创新大赛1项、省级一流课程3门，省级智慧课程1门、省级思政示范课程、省级教改项目3项、省普通本科高校劳动教育典型教学案例和实践项目2项、人工智能赋能重点领域教改项目1项。

学生发展方面： 近年来，学院育人成果丰硕。先后荣获省级暑期“三下乡”社会实践优秀团队、大学生艺术文化节优秀组织单位、田径运动会优秀组织奖及道德风尚奖等多项荣誉。考研深造方面成绩突出，近三年累计有440名学生考取硕士研究生，本科考研率持续保持在35%以上。在高水平学科竞赛中，学生斩获国家级奖项21项、省级奖项76项。

  学院先后多次荣获师德建设先进单位、平安校园建设先进单位、优秀基层党组织、优秀基层团组织、工会工作及宣传工作先进单位、就业工作先进单位、学风建设先进单位等荣誉称号。