农业与生物工程学院（牡丹学院）成立于2017年7月，由原生命科学系、园林工程系和资源环境系的农学类专业组建而成，是菏泽学院最具有鲜明办学特色和学科优势明显的学院之一，2024年获批山东省专业特色学院（专业特色现代高效农业学院）。学院现设有生命科学系、农林系、食品与生物工程系三个教学系，拥有“生物工程、生物科学、食品科学与工程、园艺、设施农业科学与工程”5个本科专业，“药品生物技术、园艺技术、设施农业与装备、种子生产与经营、农产品加工与质量检测”5个专科专业，在校生2500余人。

在师资队伍方面：现有教师110人，其中教授19人，副教授40人，博士59人，2024年荣获“山东省巾帼文明岗”称号，2025年荣获“全国巾帼文明岗”称号。其中“山东省黄大年式教师团队”1个、山东省高校青创人才引育计划2个、山东省高等学校青创团队计划2个、山东省高校教育教学指导委员会委员1人、山东省教学名师2人、山东省创新教学大赛二等奖1项等。另外，多名教师被南京师范大学、山东理工大学、青岛大学、浙江万里学院等选聘为研究生导师。

在学科建设方面：获得山东省教学成果奖1项，获批山东省教学改革项目2项，山东省一流本科专业2个（生物科学、生物工程），山东省一流本科课程3门，山东省高水平应用型立项建设专业群1项（生物工程专业群），山东省特色专业1个（生物科学），山东省卓越工程师教育培养计划1项（食品科学与工程），生物科学专业顺利通过教育部师范类第二级认证；获批山东省大健康产业学院1个，省普通高校示范性实习（实训）基地1个，获批菏泽学院高水平重点建设学科（生物与医药）、培育建设学科（农业）各1个。获批省科技特派员创新创业共同体产业服务团1个。

在平台建设方面，现拥有：牡丹遗传育种及应用技术山东省工程研究中心、脑心精准医疗与应用技术山东省工程研究中心、黄河流域高效生态特色植物资源产业化开发协同创新中心、山东省牡丹生物学研究及应用技术高校特色实验室、鲁西南特色高效循环生态农业协同创新中心、山东省牡丹基因工程育种及应用工程技术研究中心；校级跨学科研究平台2个：牡丹研究院、生命科学与健康研究院。另外，拥有山东省普通高等学校示范性实习（实训）基地1个、专业实验室49个、精密仪器实验室2个，仪器设备总值约4900余万元。与企业联合获批菏泽市技术创新中心2个、菏泽市重点实验室1个。

在科学研究与社会服务方面：建院以来，我院教师获批国家级科研纵向项目10余项、省部级等70余项，获得科研成果奖、专利奖等80余项，国家专利320余项（发明专利55余项），出版专著、教材20余部，发表SCI论文170余篇，其它论文460余篇。另外，我院拥有中国农学会科技志愿服务总队—山东菏泽现代农业科普分队1个，山东省菏泽学院农业与生物工程科普工作室1个，注册山东省科技特派员30余名，挂职科技副总20余人。

学院先后多次荣获师德建设先进单位、平安校园建设先进单位、优秀基层党组织、红旗团总支、优秀基层团组织、暑期大学生三下乡优秀团队、大学生艺术文化节优秀组织单位、田径运动会优秀组织奖及道德风尚奖、工会工作及宣传工作先进单位、就业工作先进单位、学风建设先进单位等荣誉称号。