农业与生物工程学院（牡丹学院）成立于2017年7月，由原生命科学系、园林工程系和资源环境系的农学类专业组建而成，是菏泽学院最具有鲜明办学特色和学科优势明显的学院之一，2024年获批山东省专业特色学院（专业特色现代高效农业）。学院现设有生命科学系、农林系、食品与生物工程系三个教学系，拥有“生物工程、生物科学、食品科学与工程、园艺、设施农业科学与工程”5个本科专业，“药品生物技术、园艺技术、设施农业与装备、种子生产与经营、农产品加工与质量检测”5个专科专业，在校生2200余人。

在师资队伍方面：现有教师109人，其中教授15人，副教授35人，博士54人，其中教育部高等学校课程教学指导委员会委员1人、山东省黄大年式教学团队1个、山东省高校青创人才引育计划2个、山东省高校教育教学指导委员会委员1人、山东省教学名师3人、山东省巾帼文明岗1人、山东省优秀教育工作者1人、山东省创新教学大赛二等奖1项等；另外，多名教师被南京师范大学、山东理工大学、青岛大学、浙江万里学院等选聘为研究生导师。

在学科建设方面：获得山东省教学成果奖1项，获批山东省教学改革项目2项，山东省一流本科课程3门，山东省一流本科专业2个（生物科学、生物工程），山东省高水平应用型立项建设专业群1项（生物工程专业群），山东省特色专业2个（生物科学、生物教育），山东省卓越工程师教育培养计划1项（食品科学与工程），生物科学专业顺利通过教育部师范类第二级认证；另外，2024年生物与医药专业学位被评为菏泽学院高水平学科重点建设点，农业专业学位被评为培育建设点。

在平台建设方面，现拥有省级科学研究平台7个：牡丹遗传育种及应用技术山东省工程研究中心、黄河流域高效生态特色植物资源产业化开发协同创新中心、山东省牡丹生物学研究及应用技术高校特色实验室、山东省脑心精准医疗与应用技术研究中心、鲁西南特色高效循环生态农业协同创新中心、山东省牡丹基因工程育种及应用工程技术研究中心、山东省“十三五”高校重点实验室-生理生化及应用；校级跨学科研究平台2个：牡丹研究院、生命科学与健康研究院；另外，拥有山东省普通高等学校示范性实习（实训）基地1个、专业实验室55个、精密仪器实验室2个，仪器设备总值约4500余万元。

在科学研究与社会服务方面：建院以来，我院教师获批国家级科研纵向项目10余项、省部级等50余项，获得科研成果奖、专利奖等30余项，国家专利300余项（发明专利40余项），出版专著、教材20余部。另外，我院拥有中国农学会科技志愿服务总队—山东菏泽现代农业科普分队1个，山东省菏泽学院农业与生物工程科普工作室1个，注册山东省科技特派员30余名，挂职科技副总20余人。

学院先后多次荣获师德建设先进单位、平安校园建设先进单位、优秀基层党组织、红旗团总支、优秀基层团组织、国家级暑期大学生三下乡优秀团队、大学生艺术文化节优秀组织单位、田径运动会优秀组织奖及道德风尚奖、工会工作及宣传工作先进单位、就业工作先进单位、学风建设先进单位等荣誉称号。