牡丹遗传育种及应用技术山东省工程研究中心由山东省发展和改革委员会于2023年3月批复认定，其前身为2018年获批的"山东省牡丹遗传育种及应用技术工程实验室"。中心由菏泽学院牵头，联合菏泽市农业科学院、山东大树达孚特膳食品有限公司、龙池牡丹实业有限公司、曹州牡丹园共同建设，属于校企合作共建的省级工程研究中心。

中心立足菏泽市丰富的牡丹资源优势，秉承"面向行业重大需求，引领行业技术发展"的原则，以牡丹遗传育种及应用为重点研究内容，坚持目标导向、问题导向和结果导向，聚焦关键核心技术攻关与科技成果工程化、产业化，旨在搭建产业发展与科技创新之间的桥梁。中心致力于推动菏泽牡丹产业持续健康发展，建成国内领先的牡丹研发创新平台，提升科技创新对地方经济社会发展的服务支撑能力。